表裏二枚のえび茶色の布地からなる本校の校旗は,本校の草創期昭和23年に,すべて生徒と職員の考案・共同作業によって手作りされ,昭和25年3月19日,第一回卒業式 で掲げられて以来,代々の卒業生によって受け継がれてきたものです。
　校旗の図案は「海神」の地名にちなみ,海の神「海神」をギリシャ神話からとって,海の神「ポセイドン」（ゼウスの兄で,世界を分けるとき海の支配権を手に入れた）の息子トリトンを図案化したものです。　「トリトン」はほら貝を吹き鳴らして,潮の干満をおこした半人半魚の形をした人魚で海の神です。校旗の表裏両面の上部にこのほら貝を吹き鳴らす「トリトン」が刺しゅうされており,その吹き鳴らすほら貝から出た息が水中の泡となり,やがて星となって校旗の一面にひろがってゆきます。
　毎年,この星を卒業式の式典の中で,生徒代表がひとつずつ刺しゅうする儀式が「校旗星つけ」なのです。卒業式のたびに,卒業生の手によって一つまた一つと星が加えられていき,未完成のままで在校生に手渡され引き継がれていく。私たちはここに永遠に完成を見ない創造性と神秘性を見るのです。
　平成10年度第50回卒業式で,ついに50個の星が燦然と輝き,校旗の「星付け」は,初めて一巡しました。平成11年度第51回卒業式において,母校の永遠なる発展を願い,同窓会より新校旗が贈呈され,再び最初の1つ目からの「星付け」が始まりました。この「星つけ」の儀式は,在校生卒業生の「友情」と「協力」の証として、永遠に受け継がれていくことでしょう。
　卒業式に行うこの「星つけ」の泡の位置はすべて指定されており,全体のバランスがくずれないように,一つずつ配慮して位置を決定してあります。初代校旗の中には,神話に合わせて古代文字で校名が刺しゅうされています。布地の周囲は卒業生による刺しゅうのふさがついており、堅い友情と協力をあらわしています。一方長い旗竿の先端には,当時の海神中学校の敷地,飛の台や海神山に咲き誇っていた「山ゆりの花」がカタどられており,これが校章にもなっているのです。山ゆりのようにけがれなく品位のある生徒,忍耐力と野性味のある生徒を意味しているのです。
　海神中学校の創立当時は,終戦後間もない,世の中が混乱の時代でしたが,それから50年,校旗の星とともに希望に溢れた,1万5千有余の卒業生が巣立って行ったことを考えると,海神中学校のよき校風と伝統の重みを深く感じさせられます。